Las funciones del Organismo de Coordinación son las de coordinar el conjunto de actividades realizadas por los miembros del PAPPS, planificar actividades en colaboración con otras instituciones, buscar fuentes de financiación y gestionar los recursos, difundir el programa, establecer relaciones con otros grupos de trabajo nacionales o del extranjero (las relaciones institucionales se establecen a través de la semFYC), evaluar el programa, mantener la coordinación con los responsables autonómicos, preparar las reuniones y crear un fondo documental.

En cada autonomía hay uno o dos responsables (según criterios de dispersión geográfica o número de centros), que son los encargados de coordinar a los responsables de cada Equipo de Atención Primaria (EAP) adscrito al PAPPS en su comunidad, así como de organizar las actividades docentes o relaciones con las administraciones locales, entre otras funciones.