La decisión de adscribirse al PAPPS debe realizarse por acuerdo mayoritario de los profesionales sanitarios del equipo de atención primaria. Los participantes deben garantizar que disponen de la infraestructura mínima para realizar el proyecto: historias clínicas para la atención individual y capacidad para llevar a cabo la autoevaluación bienal, tal y como marca el programa.

El equipo puede participar en diferentes tipos de actividades preventivas pero al menos debe realizar uno de los dos paquetes mínimos, el adulto o el infantil.

La organización de las actividades del PAPPS dentro de cada centro se realizará de acuerdo con la decisión de los miembros del equipo. En cada uno de los equipos adheridos debe existir un responsable del programa, que es el encargado de la relación del EAP con el responsable autonómico.